Zum ersten Mal in der höchsten Schweizer Spielklasse, der damaligen „Serie A“, spielte der aus dem Kanton Tessin stammende Club im Jahr 1922. 9 Jahre später (1931) gewann Lugano den nationalen Pokalwettbewerb und damit den ersten größeren Titel der Vereinsgeschichte. Meister der mittlerweile in „Nationalliga A“ umbenannten 1. Schweizer Liga wurde der Club in den Jahren 1938, 1941 und zuletzt 1949. Den Pokal konnten die Tessiner erst 1968 und 1993 wieder gewinnen.
Seit seinem Konkurs spielt der Verein durchgehend in der „Challenge League“, der 2. Schweizer Liga, verpasste den Aufstieg in die oberste „Super League“ zuletzt jedoch mehrmals nur knapp. In der letzten Saison 2010/11 belegte Lugano den 3. Rang und verpasste somit die Möglichkeit, per Relegation in die oberste Schweizer Spielklasse aufzusteigen. Bitter: Nur das schlechtere Torverhältnis gegenüber Servette Genf verwies den FC Lugano auf den 3. Platz. In der noch jungen, aktuellen Spielzeit 2011/12 rangiert der Club 6 Punkte hinter dem erstplatzierten FC St. Gallen mit 10 Punkten auf Rang 5.
Derzeitiger Präsident des Vereins ist Angelo Renzetti, aktueller Trainer der Italiener Alessando Pane, Nachfolger des Schweizers Marco Schällibaum.
Ihren letzten Meistertitel (1949) gewannen die Tessiner unter dem Ungar Béla Volentik, der den Verein von 1947-1950 und von 1952-1953 trainierte. 1970-71 wurde der ehemalige deutsche Nationalspieler Albert Sing engagiert. 1974-1975 sowie 1976-1977 wurde der FC Lugano von dem ehemaligen italienischen Nationalspieler und -trainer trainiert, der von 1964-1967 auch die Schweizer Nationalmannschaft leitete. Der derzeitige Schweizer Nationaltrainer Ottmar Hitzfeld führte den Club von Oktober bis Dezember 1979 an.